Padecer o sufrir un castigo no merecido o que ha merecido otro, o lo que es lo mismo, cargar con las culpas ajenas siendo inocente.
Frase muy antigua que tiene su origen en la actitud intransigente e intolerante hacia el pueblo judío de la sociedad cristiana española de los siglos XVI y XVII, después de siglos de convivencia entre las dos religiones. Tiempos en que los hebreos españoles eran tomados a menudo como chivos expiatorios y se les atribuían todos los males reales o imaginarios para los que no se encontraba mejor explicación. Los judíos, relegados en sus barrios y limitadas sus libertades, sufrían continuos acosos de sus vecinos cristianos. Como hacían profesión pública de su fe manifestando que su pueblo tenía un “pacto con Dios”, los cristianos se burlaban y amenazaban diciéndoles que “pagarían el pacto” cuando estuviesen reunidos en sus sinagogas, en una clara referencia a que las quemarían con todos ellos dentro. Más tarde, desprovista ya de toda connotación religiosa o racista, la frase se hizo tan popular que quedó “marcada” en el lenguaje hasta nuestros días. Hay quienes varían ligeramente su procedencia señalando que era una frase utilizada por los cristianos para burlarse de los judíos españoles cuya fe se mantenía a través del “Pacto”, vocablo utilizado para referirse al “Concierto de Dios”. En cualquier caso, perseguidos por su fe y obligados a pagar unos impuestos especiales por el hecho de ser judíos, a su alrededor se constituyó la frase de “pagar el pato” con un sentido irónico y burlesco.
Fuente: https://eltrasterodepalacio.wordpress.com/2014/02/14/los-dichos-populares-su-origen-y-significado-i/