Dice el DRAE que esta frase plural coloquial se refiere a las cuentas ‘exorbitantes y arbitrarias’.
Alude este dicho a las tan discutidas cuentas que Gonzalo Fernández de Córdoba presentó a los Reyes Católicos (los cuales se las habían exigido de forma inconveniente), después de haber conquistado para ellos el reino de Nápoles. Probablemente son apócrifas, pero he aquí algunas de las partidas presentadas por el Gran Capitán: «200.736 ducados y nueve reales en frailes, monjas y pobres, para que rogasen a Dios por la prosperidad de las armas españolas. Cien millones en palas, picos y azadones, para enterrar a los muertos del adversario. Cien mil ducados en guantes perfumados para preservar a las tropas del mal olor de los cadáveres de sus enemigos tendidos en el campo de batalla. 160.000 ducados en poner y renovar campanas destruidas por el uso continuo de repicar todos los días por nuevas victorias conseguidas sobre el enemigo (…). Cien millones por mi paciencia en escuchar ayer que el Rey pedía cuentas al que le había regalado un reino.»
Fuente: http://www.curiosidario.es/el-origen-de-los-dichos/