Expresión muy antigua, valga la redundancia, y muy particular para indicar que una cosa o un acontecimiento es de mucho tiempo atrás.
La creencia popular considera que Ñaupa fue una persona de muy antigua data o que tuvo una existencia asombrosamente prolongada, sin embargo, esto está muy alejado de la realidad.
También suele asociarse al lunfardo, en especial cuando se dice que una canción o un tango, más precisamente, es del tiempo del ñaupa.
La frase se entiende perfectamente cuando se descubre que el vocablo ñaupa proviene del término quechua ñawpa, que significa, justamente, viejo o antiguo.
Fuente: https://laplumaonline.com.ar/contenido/3880/de-donde-viene-el-dicho-del-tiempo-del-naupa